Nesta etapa, deve ser feita a lavagem para retirada das impurezas que ainda permaneceram, devendo ser realizada no mesmo dia da colheita. Aproveitando esse procedimento faz-se a separação entre frutos com diferentes pontos de maturação que, geralmente são colhidos todos juntos, para que no final de todo o processo, esses frutos não sejam beneficiados juntos, o que resultaria em uma bebida de menor qualidade.
A separação dos grãos é feita de forma muito simples, por separação hidráulica. Os frutos que secaram na planta flutuam e chamados de frutos bóia ou mal granados. Já os frutos que descem são aqueles maduros (cereja) ou de meia maturação.

Feita a separação, os frutos serão secos para garantir segurança e qualidade do café. A secagem pode ser feita em terreiros, secadores mecânicos ou a partir da combinação entre os dois.
Na secagem realizada em terreiro, o café deve ser esparramado em finas camadas e conforme forem secando essa camada pode ir aumentando de tamanho até chegar no máximo 4 cm (até o segundo dia), para que ocorra a correta secagem dos grãos e para evitar a fermentação no interior da massa de grãos, independente da etapa de secagem os grãos devem ser sempre protegidos de chuvas.
Os frutos devem ser revolvidos várias vezes ao dia (10 vezes) para acelerar e uniformizar a secagem. O terreiro deve ser sempre limpo e ter superfície lisa. Depois do segundo dia, ao final da tarde os frutos devem ser enleirados de 15 a 20 cm de altura e na manhã seguinte ser esparramado novamente numa altura de até no máximo 4 cm.
Caso ocorram chuvas, a leira deve ser revolvida até secagem completa do terreiro. No final, o café deve apresentar umidade de 11 a 12%, variando o período de secagem entre 10 e 20 dias dependendo das variações climáticas do local. De forma prática, a umidade pode ser determinada por dureza, coloração dos grãos e relação volume/peso quando 1L de café pesa 420 – 450 g. A umidade baixa impede o crescimento dos fungos Aspergillus ochraceus e Penicillium verrucosum produtores de micotoxina.
A secagem artificial é feita por secadores com fornalha de fogo indireto ou queimador de gás. O café que passará pela secagem deve ser colocado na máquina com umidade uniforme para que o processo seja mais eficiente. A temperatura de secagem não deve ultrapassar 39°C para café em casca. A temperatura deverá ser controlada e chegar, no máximo, até 30°C quando houver muitos frutos verdes. Para ser uniforme a secagem não pode ser rápida, levando cerca de 24 a 36 horas.

O armazenamento do café pode ser feito na própria propriedade, podendo ser armazenado em coco (ainda não beneficiado) a granel ou ensacado. Devem ser conservados em locais secos, ensolarados e bem ventilados. O café não deve estar em contato com o chão, os diferentes lotes deverão ser devidamente separados, armazenado com umidade inferior a 12% e controlar a presença de insetos e roedores.
Após ser beneficiado, o café deve ser armazenado em armazéns-padrão com ventilação, luminosidade, temperatura e umidade adequados.

O “Blend” de um café é a mistura de diferentes cultivares de café que irão resultar em diferentes sabores e aromas no produto final. O café também pode não ser um “Blend”, quando é formado por apenas uma cultivar, como é caso de alguns cafés que são 100% Coffea arabica.
Em seguida vem a etapa de torra, que é o principal processo definidor da cor, sabor, aroma e acidez do café. O processo pode levar cinco minutos utilizando uma temperatura de 190°C. Os níveis de torra são diferenciados pela cor e o aroma, sendo classificados em torra clara, média e escura.
A torra clara acentua acidez e aroma, com sabor suave. A média é o ponto de equilíbrio entre acidez, aroma e amargor. Por fim, a torra escura forma um café mais ácido, mais amargo e menos encorpado, chamado de café ‘‘forte’’.
Após o processo de torra é importante fazer o resfriamento e deixar os grãos em repouso por 24h para que ocorra o resfriamento completo dos grãos. Em seguida inicia-se o processo de moagem.
Nesta etapa, o grão é triturado até a formação de um pó fino. Porém, o café em pó tem vida útil mais curta do que café na forma de grão, sendo assim, o café deve ser moído visando o armazenamento não prolongado.
Também é preciso ressaltar que após a moagem ocorre a liberação de CO₂ do café_, por isso é importante fazer novamente um repouso de 24h desse pó antes de embalar, para que não ocorra estufamento da embalagem. No caso de se desejar embalar o produto imediatamente, devem ser utilizadas embalagens alternativas que serão descritas a seguir.
Para a embalagem do produto moído, pode-se utilizar embalagens com presença de ar ou embalagens a vácuo. Na primeira delas o café fica protegido da umidade, mas permite a saída do aroma e possui vida útil mais curta devido à presença de oxigênio (ar); esta embalagem deve ser usada em cafés desgaseificados (após a liberação de CO₂) ou utilizar embalagens com válvulas para a retirada do gás, ou até mesmo usar absorvedores de CO₂ e O₂ dentro da embalagem.
A válvula desgaseificadora alivia a pressão interna da embalagem pela retirada de CO₂, evita a entrada de ar (conservando melhor o aroma do produto) e deve ser usada em embalagens flexíveis ou em selos de embalagens rígidas.No caso dos absorvedores de gases, são geralmente na forma de saches, utilizados dentro das embalagens bem seladas e é um pó a base de ferro. Porém, é considerado um produto estranho dentro da embalagem.
No caso de embalagens a vácuo, o produto tem mais durabilidade por diminuir significativamente o ar de dentro da mesma, com menos de 4% de oxigênio. Neste caso a embalagem fica comprimida contra o produto, tomando um formato rígido. O material da embalagem a vácuo deve minimizar a perda de aroma e sabor, barrar a entrada de oxigênio e de vapor d’água, ser resistente à perfuração e superfície interna deve ser resistente à penetração de gorduras. Existem outras tecnologias de embalagem que podem ser utilizadas como vácuo compensado ou atmosfera inertizada, mas demandam um pouco mais de tecnificação.
Resta ao produtor, escolher a tecnologia que mais se encaixa em suas necessidades e trabalhar para melhorar cada vez mais a qualidade do produto final.
Também é importante que todas as etapas após a colheita sejam feitas da melhor maneira possível, para manter a qualidade dos frutos por um período mais longo, garantindo uma bebida de boa aceitabilidade pelo consumidor e consequentemente maior retorno financeiro ao produtor.